Prélevons un simple échantillon d'eau dans un lac. À l'échelle moléculaire, celui-ci est d'une densité biologique colossale. Il contient bien sûr des micro-organismes, mais il recèle aussi le matériel génétique de cellules microbiennes mortes et d'organismes plus grands, à travers les cellules de l'épiderme, du mucus, des gamètes ou des déjections qu'ils laissent dans l'environnement. L'ADN environnemental (ADNe) est ce mélange, cette « soupe » génétique que l'on retrouve dans l'eau, le sol, l'air ou les sédiments, et où coexistent le vivant microscopique actif, les traces des macro-organismes de passage, et les organismes fantômes du passé (1).